റൂഥർഫോർഡ് മാതൃക എന്നത് ഏർണസ്റ്റ് റൂഥർഫോർഡ് മുന്നോട്ടുവെച്ച ആറ്റത്തിന്റെ ഒരു മോഡലാണ്. പ്രശസ്തമായ 1909ലെ Geiger–Marsden പരീക്ഷണത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ 1911 ലെ റൂഥർഫോർഡിന്റെ അപഗ്രഥനം ജെ. ജെ. തോംസണിന്റെ പ്ലം പുഡ്ഡിങ് മാതൃക തെറ്റാണെന്ന് പ്രസ്താവിച്ചു. പരീക്ഷണത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള റൂഥർഫോർഡിന്റെ പുതിയ മാതൃകയിൽ ആറ്റത്തിന്റെ മറ്റ് ഭാഗങ്ങളെ അപേക്ഷിച്ച് ഉയർന്ന ചാർജ്ജ് കേന്ദ്രത്തിൽ വളരെ കുറഞ്ഞസ്ഥലത്ത് കേന്ദ്രീകരിച്ചിരിക്കുന്നു. ഈ കേന്ദ്രം ആറ്റത്തിന്റെ അറ്റോമികമാസ്സിൽ ഭൂരിഭാഗവും ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. പിന്നീട് ഈ ഭാഗം "ന്യൂക്ലിയസ്സ്" എന്ന് പിൽക്കാലത്ത് അറിയപ്പെട്ടു